M&A 세무 실사 체크포인트 - 실전편

M&A는 단순히 기업을 사고파는 거래가 아닙니다. 기업의 ‘과거와 미래’를 함께 인수하는 일이죠. 이때 세무 이슈는 가장 흔하게 간과되는 실패 요인 중 하나입니다. 세무 실사가 부실하면, 거래 이후 예상치 못한 세금이 발생하거나, 최악의 경우 거래 자체가 무산될 수 있습니다. 이번 글에서는 M&A 세무 실사의 핵심 항목과 실수 사례, 그리고 이를 방지하기 위한 실무 전략을 항목별로 정리해 드립니다.

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주식을 양도하는 개인(주주)이 얻는 이익에 대해 부과되는 세금입니다. 특히 소액주주라고 해도 장외에서 주식을 양도하면 과세될 수 있다는 점, 놓치기 쉽습니다.

◼️ 실무 체크포인트

• • 대주주라면 반드시 양도소득세를 내야 합니다. 대주주 기준은 [소득세법 시행령 제157조 제4항]¹을 참고해야 합니다.

  • 예정신고 기한 : 주식을 판 분기의 말일부터 2개월 이내에 신고 및 납부해야 합니다.

✅ TIP

거래 전 대주주 여부를 사전 검토하고, 계약서에 세금 부담 주체를 명확히 규정해야 분쟁을 줄일 수 있습니다.

법인세는 기업의 순이익에 부과되는 세금으로, 인수 대상 기업의 세무 상태를 전반적으로 파악하는 지표입니다.

◼️ 실무 체크포인트

• • 감가상각, 이월결손금, 가지급금, 업무용 차량 비용 등

  • 부당행위계산부인 가능성

  • 자본금 변동, 세액감면 적용 이력

✅ TIP

최근 5년치 세무조정 내역과 신고 자료를 꼼꼼히 확보하세요. 합병·분할 예정되어 있다면, 의제배당·청산소득 등의 세무 효과를 미리 시뮬레이션해봐야 합니다.⁵

영업양수도나 자산양수도처럼 부동산·유형자산을 넘길 때 발생하는 세금입니다. 주식양수도는 원칙적으로 취득세가 없지만, 부동산 과다법인의 주식 거래 시 예외적으로 취득세가 나옵니다.²

◼️ 실무 체크포인트

• • 대상 회사가 부동산 과다법인인지 꼭 확인하세요. (부동산 자산이 총자산의 50% 초과)

  • 과세 여부와 세율은 지방세법 기준으로 확인해야 합니다.²

✅ TIP

세무사와 함께 부동산 과다 여부를 거래 전에 반드시 판단하세요. 계약 전 거래 구조를 재조정하여 세부담 최소화하세요.

비상장주식 양도 시에도 0.45% 증권거래세 부과됩니다. (2025년 기준)³ 보통 매도인이 부담하지만, 계약서에 명확히 적어야 분쟁이 없습니다.

✅ TIP

거래 총액 기준으로 세금 납부 책임을 계약서에 반드시 명시하세요. 거래 유형별로 세율이 다를 수 있으니, 정확히 확인하세요.

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📌 핵심 정리

• 양도소득세는 소액주주라도 장외 거래 시 과세 대상일 수 있습니다.

• 법인세 실사 시 감가상각, 가지급금, 청산소득 등 항목별로 꼼꼼히 체크해야 합니다.

• 취득세는 거래 구조에 따라 발생 여부가 다르니, 반드시 사전 판단이 필요합니다.

• 증권거래세는 소규모 주식 거래에도 적용되므로 예외 없이 챙기세요.

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Footnotes

¹ 소득세법 시행령 제157조 제4항; 국세청 양도소득세 안내서 (2024).

² 지방세법 제11조 및 제12조, 지방세법 시행령 제10조 (2024.12 개정 기준).

³ 기획재정부 ‘2025년 세법개정안 주요 내용’ (2025.07).

⁴ PwC Korea, 『M&A Tax Due Diligence Guidebook』 (2023).

⁵ Deloitte, 『M&A Tax Risks in Korea – A Practical Approach』 (2022).